Il est souvent nécessaire de combiner plusieurs Calques en un. C'est particulièrement utile avant de sauvegarder une image vers un format non-GIMP tel que le JPEG ou le GIF. Il y a deux façons de combiner des Calques dans le GIMP. La méthode à utiliser dépend de l'utilisation finale de l'image résultante.
Il est possible de fusionner un sous-ensemble de Calques d'une image dans un seul Calque. Ceci est accompli en choisissant Fusionner les Calques Visibles du menu de Calques ou en introduisant au clavier simplement C-m dans la fenêtre d'Image. Alternativement, il est parfois commode de fusionner juste deux Calques adjacents dans la pile de Calque. Ceci peut être fait avec la Fusion vers le Bas , que l'on trouve dans le menu de Calques. L'utilisation de cette fonction fusionne le Calque actif avec le prochain Calque visible vers le bas dans la pile. La Fusion vers le Bas peut être commodément appelée par l'introduction au clavier de C-S-m dans la Boîte de dialogue de Calques. Une superbe utilisation de Fusion vers le Bas est illustrée dans la Section 9.1.4.
La fonction Aplatir Image, , que l'on trouve dans le menu Calques , est une alternative à Fusionner les Calques Visibles. Cette fonction fusionne tous les Calques indépendamment de leur visibilité dans la fenêtre d'Image. En outre, Aplatir Image applique tous les masques de Calque à leur Calque respectif (pour plus sur des masques de Calque, voir la Section 4.2) et supprime toutes les valeurs Alpha restantes dans l'image. En fait, Aplatir Image est la seule fonction dans le GIMP qui peut retirer le canal Alpha d'une image. Les masques de Canal, cependant, ne sont ni appliqués, ni effacés (voir la Section 4.1 pour plus sur des Masques de Canal). En général, une image est aplatie afin de la sauvegarder dans un format d'image qui ne supporte pas les Calques ou la transparence. Le format JPEG est un exemple de ceci.